蔡元培强调新的五项教育中以公民道德教育为中坚，并以法国资产阶级革命时期提出的自由、平等、博爱作为公民道德教育的纲领。在他看来，大学的唯一目标就是研究高深精湛的学问，此外不能有其他任何实用的目标。所以进入北京大学的教师和学生必须持守为学问而学问的立场，而千万不能抱着任何短期的功利性的目标。
蔡元培所谓的“大学者，研究高深学问者也”具有强烈的反对仅仅为了当下的功利性目的而牺牲将来的超功利的思想。蔡元培所谓的“高深学问”指的就是“科学”，这里的“科学”包括了自然、社会和人文学科在内。
任何知识理论体系都不是零零碎碎的杂凑或拼盘，而是有其结构性或系统性的思想体系。要有一种系统的或结构性的思维方法将关于自然的或社会的或人文等的研究成果组织成为知识理论体系。学校教育的目的不只是让学生多读几本书，而是要真正地培养起学生的系统的或结构性的思考能力。
陈独秀与蔡元培一样对于士人弃其所学而以做官发财为其人生目标严厉批判。他在发表于1916年10月1日的《我之爱国主
义》一文中这样批判道：传统以来我们的人民不讲究卫生，被人称之为“不洁之民族”，“而其内心之不洁，尤令人言之恐怖。经数千年之专治政治，自秦政以迄洪宪皇帝，无不以利禄奔走天下，吾国民遂沉迷于利禄而不自觉。卑鄙龌龊之国民性，由此铸成”。与此同时，陈独秀积极提倡科学，并得到了蔡元培本人的积极的认同与大力的支持。正在蔡元培的支持和鼓励下，新文化运动在北京大学蓬勃地开展起来。